Миколаївський обласний краєзнавчий музей було відкрито 15 (28) грудня 1913 р. як міський природничо-історичний музей. Основою його зібрання стала унікальна природнича колекція Е.П. Францова, подарована місту його спадкоємцями. У ній були представлені зразки мінералів, опудала птахів, риб, тварин, корали, губки, гербарії тропічних рослин та багато інших цікавих речей. У перші роки існування музейну колекцію поповнили численні подарунки – археологічні знахідки з Ольвії, етнографічні матеріали, побутові речі міських жителів, зразки холодної та вогнепальної зброї, документи, фотографії, моделі кораблів. У червні 1918 р. до фондосховищ надійшла колекція військового музею 58-го Прагського піхотного полку.
Згодом на базі колекції було створено два музеї – історико-археологічний та природничий. У листопаді 1950 р. відбулося об’єднання історичного та природничого музеїв у Миколаївський обласний краєзнавчий музей.
На початку 2000-х рр. музейне зібрання налічувало близько 180 тис. предметів. У 1999 р. Миколаївська облдержадміністрація прийняла рішення передати краєзнавчому музею будівлі комплексу «Старофлотські казарми» – пам’ятник архітектури національного значення, що був побудований у першій пол. ХІХ ст. згідно з проєктом англійського архітектора Ч. Акройда (вул. Набережна, 29). У 18 залах була створена нова експозиція, що відображає природно-екологічні особливості краю та історію північно-причорноморських земель від кам’яної доби до середньовіччя. Окрім постійної експозиції в музеї працюють три виставкові зали, в яких періодично демонструються художні та історичні виставки.
Зараз у музеї функціонують п’ять відділів. Співробітники науково-експозиційного відділу займаються вивченням природних особливостей, екологічної ситуації краю та його історії з найдавніших часів до сьогодення, проводять збір нових музейних предметів, здійснюють атрибуцію експонатів, беруть участь у науковому житті області та країни. Також створюють виставки, проводять екскурсії та лекції.
Проведення різноманітних масових заходів, підтримка контактів та взаємодії з пресою, громадськими організаціями та закладами культури, освіти та підприємствами здійснюється відділом науково-просвітницької та методичної роботи. Всього в краєзнавчому музеї щорічно проводиться близько семидесяти масових заходів.
Основне завдання відділу пересувних та стаціонарних виставок полягає в об'єднанні зусиль різних частин і підрозділів музею з організації виставок у музеї та за його межами. Окрім цього, за його співробітниками закріплена наукова розробка широкого кола етнографічних проблем.
Робота по комплектації, поповненню, збереженню, обліку та систематизації музейних предметів здійснюється відділом фондів. У депозитарії музею зберігається близько 250 тис. експонатів.
При музеї діє відділ реставрації – окрема служба, що здійснює реставрацію та консервацію музейних предметів, а також проводить художнє оформлення експозиції.
Зараз музей активно працює на благо миколаївської громади. Щороку з експозицією музею ознайомлюються понад 50 тис. відвідувачів, для них проводиться більше 1600 екскурсій та 20 тимчасових виставок.
Більш детально з діяльністю музею можна ознайомитися на вебсайті http://www.museum.mk.ua/.